専用の塗料を使用して正しい工程で施工することにより剥がれ落ちる事は有りません。

近所のペンキ屋さんに塗装してもらったのですが水膨れのように膨れてきました。
何とか治す方法はないのでしょうか？

残念ですが間違った施工をした窓に塗装を剥がす施工を行うと、下地の樹脂成分に多大なダメージを与えてしまい堅くもろい状態になり、ヒビ割れや変形を促進していまいます。

大手ハウスメーカーに依頼したところ、艶ありピカピカにされてしまい「この方が長持ちする」
と言われたが？

窓の大きさ・形などによって多少替わりますが、概ね窓が13～15箇所標準色の場合、25万円前後になると思います。